S nesrovnalostmi ve výsledcích různých diagnostických metod se v laboratorní praxi setkáváme často a podle oficiálních údajů je lze vysvětlit několika důvody.
Metodou ELISA se zjišťuje hladina protilátek proti herpes viru typu 1 a 2, vysoký titr zůstane v přítomnosti viru v nervových gangliích, protože virový antigen vyvolává imunitní odpověď v těle a vytváří protilátky specifické pro herpes. V tomto případě může být onemocnění asymptomatické. PCR, vysoce specifická metoda pro diagnostiku DNA patogenu, prokazuje nepřítomnost oparu na sliznicích spojivky a genitálního traktu, ale nedokáže určit jeho přítomnost v gangliích.
Sběr materiálu na urogenitální infekce se odebírá ze sliznic genitálního traktu. K detekci chlamydií, protože se jedná o obligátní intracelulární parazity lokalizované v epiteliálních buňkách sliznic, je nutné nejen výtok z urogenitálních orgánů, ale seškrábnutí z těchto orgánů, aby buňky nesoucí chlamydie vstoupily do testovaného materiálu. Výsledky analýzy může ovlivnit mnoho faktorů. Pro získání spolehlivého výsledku je nutné vyprázdnit močový měchýř tři hodiny před výkonem. V opačném případě můžete smýt horní vrstvu epitelu a ty bakterie, které budou vyžadovány pro diagnostické testování pomocí metod RIF a PCR. Pro přesnou diagnózu se odebere seškrab z urogenitálních orgánů, ze spojivky, protože jinak se genetický materiál chlamydií nemusí dostat do zkoumaného biologického vzorku. PCR nátěr ukáže chlamydie, pokud je v době testu aktivní zánět ve sliznicích. Často se stává, že v době odběru PCR stěru je infekce v neaktivní fázi. Množství shromážděného materiálu by mělo být malé (zejména separovaný materiál – ne větší než „velikost hlavičky zápalky“). Nadměrný výtok, hlen a hnis negativně ovlivňují kvalitu extrakce DNA a přispívají k degradaci DNA během skladování a přepravy. K provádění PCR se používají speciální reagenční soupravy od různých výrobců. Senzitivita a specifičnost souprav se může u různých výrobců lišit. Při návrhu cykléru (PCR testovací systém) se používá fragment DNA specifický pro daný mikroorganismus, který je nejméně náchylný ke změnám. Je „selektován“ z takzvané vysoce konzervované oblasti DNA. Ale variabilita mikroorganismů může vést k tomu, že některé genotypy nebo kmeny zkoumaného patogenu mohou získat mutace v amplifikované (klonované) části genomu a stát se tak nepolapitelnými daným testovacím systémem. V případě pochybností o spolehlivosti výsledku analýzy ELISA nebo PCR se obvykle doporučuje po krátké době (měsíc, tři měsíce, vyšetření) podstoupit vyšetření jinou metodou nebo absolvovat opakovaný test na diagnostiku ELISA a PCR, atd.). Nejčastěji se k diagnostice chlamydiové infekce používá standardní sérologická metoda – komplement fixační test (CFT). K provedení této reakce se používají speciální protilátky, které se vážou na chlamydie. Tyto komplexy chlamydie + protilátka jsou pak identifikovány.
Sérologické metody jsou obecně neinformativní pro detekci akutní infekce, protože koncentrace chlamydiových antigenů je nízká. Reakci fixace komplementu však lze použít jako screeningový test, kdy je potřeba komplexní a rychlé vyšetření na přítomnost širokého spektra patogenů různých infekčních onemocnění. U sérologických metod se žilní krev odebírá ráno, nalačno. Údaje z literárních zdrojů potvrzují, že ne všechny kočky mají pozitivní titr CSC protilátek. Proto tato metoda testování na chlamydie nemůže být hlavní. Další způsob testování na chlamydie: RIF (imunofluorescenční reakce) test na chlamydie je jedním z nejpřesnějších (až 80 %). Metoda analýzy je následující: k biomateriálu (stěr z urogenitálního traktu) jsou přidány protilátky proti známému antigenu (protein chlamydie). Protilátky „rozpoznají“ antigen a navážou se na něj ze všech stran. Protilátky jsou evidentně značeny fluorescenční (svítící) látkou. Pokud testovaný materiál obsahuje antigen (chlamydie), pak vzniká světélkující komplex antigen-protilátka, který laborant vidí v mikroskopu. Přesnost této studie závisí na profesionalitě laboratorního lékaře.