Vysoká ekologická plasticita umožňuje jelenům žít v různých přírodních podmínkách: od mořského pobřeží až po alpský nebo horsko-tundrový horský pás včetně (v pohoří Dzungarian Alatau až do 3000 m). Oblast rozšíření tohoto druhu zahrnuje zóny tajgy a listnatých lesů, stepí a pouští (v polopouštích a pouštích, hlavně tugai podél břehů nádrží a saxaulských houštin) a na jihu naší země také subtropy. Jeleni tedy žijí v oblastech jak s velmi suchým podnebím a zimami bez sněhu, tak tam, kde jsou v zimě vydatné srážky a hodně sněhu.
O velké ekologické plasticitě jelena lze soudit i to, že, jak ukazuje úspěšná zkušenost s aklimatizací hybridní formy (vzniklé křížením altajského maralu s krymským jelenem s příměsí krve z jiných forem) na ostrově Birjuchiy v Přírodní rezervace Azov-Sivash, jeleni snesou i absenci zásob čerstvé potravy.
Jeleni se po většinu roku vyhýbají souvislým a hustým lesním plochám; přednost se dává řidším plochám bohatým na podrost listnatých stromů, keřů a bylinné vegetace a protkané trávníky a pasekami. Oblast je vhodná zejména pro život jelenů, vyznačuje se velkou mozaikou stanic. V minulosti se zjevně v lesostepi vyskytovalo zejména mnoho jelenů a v závislosti na zimním sněžení se jeleni mohli v tomto ročním období (kde je zima sněhovější) hromadně stahovat do lesa, nebo naopak. soustředit se ve stepi (oblasti s kontinentálním klimatem).
V současnosti jsou hlavní zásoby jelenů soustředěny v horských oblastech, protože na pláních byla tato zvířata z velké části vyhubena nebo zmizela v důsledku změn krajiny. V horách žijí jeleni na různých stanovištích, často se vyskytují na strmých a silně členitých svazích, kam se los zpravidla nedostane. Obecně lze říci, že v případech, kdy se jelen lesní, los a srnčí zvěř vyskytují ve stejné oblasti, jelen obvykle využívá širší škálu biotopů než ostatní spárkaté zvěř.
V evropské části areálu mají význam zejména pro život jelenů; v Karpatech – bukové lesy, odkud jeleni často vylézají na horské louky – louky; v Belovezhskaya Pushcha – mladé borové lesy a vzrostlé borovicové-smrkovo-dubové lesy bohaté na listnatý podrost a trávu, v suchých letech i olšové lesy; Přírodní rezervace Voroněž – smíšené a dubové lesy, v zimě i borové lesy, pokud jsou bohaté na keře a listnaté podrosty. V Krymské přírodní rezervaci se v létě nejvíce jelenů vyskytuje v dubových lesích, pak v bukových lesích; V zimě se až 95 % všech pozorování jelenů vyskytuje v dubových lesích. Na jižním Uralu se zde aklimatizovaní jeleni stahují k náhorní borovicově-modřínové lesostepi a vyhýbají se souvislým vlhkým listnatým lesům.
V pohoří Kavkaz se jeleni vyskytují od pobřežních rákosin Kaspického moře až po vysokohorské louky včetně. V letním období je v Kavkazské přírodní rezervaci zvláště mnoho jelenů v horní třetině lesního pásu hor (pastiny s vysokou travnatou vegetací, horní hranice lesa) a na subalpínských a alpských (do 2500 m) loukách .
V pohoří Ťan-šan jsou hlavním stanovištěm jelenů smrkové lesy protkané mýtinami. Na jižní Sibiři využívají jeleni a wapiti, kteří zde žijí, mnoho stanic. Důležité jsou zejména spálené plochy porostlé listnatým porostem a travnaté plochy. V horských oblastech jsou jeleni nejhojnější ve střední části lesního pásu hor a v létě v pohoří Altaj a Sajany – také v subalpínském pásmu, odkud na alpské louky míří i jeleni. V pohoří Sikhote-Alin je mnoho jelenů ve středních spálených oblastech mandžuského a okhotského typu a také v pobřežních dubových lesích, ale v jehličnatých lesích je jich mnohem méně; v létě některá zvířata stoupají až na horské louky – do výšky 1700 m.
V horských oblastech (Kavkaz, Altaj, Sajany, Sikhote-Alin) se dospělí samci zdržují na horských svazích o něco výše než samice s mladými zvířaty. V přírodní rezervaci Kavkaz se však v některých oblastech oblasti na alpských loukách, jak v létě (horní tok Kholodnaja), tak v zimě (hřbet Pshekish), vyskytují hlavně samice s mladými zvířaty.
Biotopy bucharského jelena jsou velmi unikátní, nyní se nacházejí hlavně v tugajských lesích v povodí Amudarji. V lesích Darganatinsky tugai se jeleni zdržují mezi houštinami bodláku trnitého Halimodendron telodendron, v oblastech s bujnou obnovou topolu Populus pruinosa, dále tam, kde jsou keře jida Eliagnus angustifolius a v houštinách rákosu. V létě se jeleni běžně vyskytují ve svazech s převahou hustého a vysokého bylinného porostu, na podzim a v zimě se častěji vyskytují mezi stromovými plantážemi. Podél řeky Jelen kafirniganský žije v úzkém pruhu rákosových houštin se vzácnými keři jida a podél Pyanj a dolního toku Vakhsh, především v lužních lesích pestrého topolu s účastí jida. Obzvláště oblíbené jsou oblasti, kde jsou malé paseky s bylinnou vegetací, stejně jako houštiny rákosu. Během chladného období bucharští jeleni pronikají do sousedních pouští, kde žijí v houštinách saxaulů a tamaryšků, vyhýbají se příliš otevřenému a kopcovitému terénu; v minulosti se vyskytovaly pravidelněji v pouštní oblasti. Časté jsou také východy z tugaiských lesů do sousedních pouští brzy na jaře, kdy začíná vegetační období efemérů.
Bucharský jelen se nejen z hlediska biotopu, ale také ve všech biologických rysech výrazně liší od ostatních poddruhů pravých jelenů běžných v Sovětském svazu. Tyto rozdíly jsou tak výrazné, že například převyšují rozdíly různých typů zájezdů.
